LKiS adalah sebuah organisasi independent dan nirlaba berbentuk Yayasan - Yayasan LKiS - dengan tujuan "mewujudkan tatanan Islam transformative yang berpihak pada keadilan dan kemajemukan, berbasis pada ke-indonesiaan. LKiS didirikan pada 1992 - di era Orde Baru - oleh Hairus Salim HS dan Farid Wajidi serta didukung oleh sekelompok aktivis muda dari kultur Islam tradisional yang melakukan diskusi secara intensif dan mengembangkan pemikiran kearah yang lebih transformative serta toleran. Yayasan LKiS juga mencantumkan nama sebagai Pusat Kajian Islam dan Transformasi Sosial.
Berkelompok dan mendiskusikan isu-isu kritis di tengah kekuasaan Orde Baru sungguh tidak mudah, terlebih lagi beririsan dengan agama. Namun orang-orang muda dalam LKiS terus bergiat melakukan kajian terkait wacana Islann, sekaligus mengaplikasikannya dengan mengadvokasi pihak-pihak yang didiskriminasi dan dimarginalkan.
Strategi untuk mengamplifikasi pemikiran-pemikiran mereka dengan cara meluaskan jaringan dan media, utamanya penerbitan buku, bulletin, media cetak maupun elektronik. Jaringan yang dikembangkan melalui komunitas orang muda dari berbagai latar belakang, pesantren, dan majelis taklim. Kemudian juga secara aktif melakukan advokasi bersama masyarakat dan lembaga-lembaga yang memiliki perhatian terhadap isu yang sama. Cita-cita utama dari para penggerak LKiS adalah melahirkan orang-orang dengan jiwa dan pemikiran kritis, transformatif, dan toleran. Melalui Yayasan LKiS mereka sepenuhnya mendukung dan mempertahankan Bhineka Tunggal ika, dengan upaya yang sungguh-sungguh mengelola perbedaan bukan mengakibatkan perpecahan, melainkan justru sebagai modal penting untuk menciptakan karya bersama demi kemajuan bangsa dan Indonesia.
Para aktivis di Yayasan LKiS berupaya terus-menerus menempatkan Islam sebagai rahmatan lil alamin, anugerah bagi semesta alam. Seturuh aktivitasnya dijalankan dengan tujuan utama mendorong terwujudnya perdamaian dalam keberagaman, kesetaraan gender, dan pemenuhan hak-hak dasar setiap insan. Upaya-upayanya ini tidak mudah dan penuh tantangan. Tak jarang aktivitasnya mendapat respon negatif dari sekelompok orang yang tidak sepaham,yang cenderung intoleran.
Buku-buku yang diterbitkan oleh LKiS antara lain: Kazuo Shimogaki, Kiri Islam, Antara Modernisme dan Postmodernisme (Pengantar: Abdurahman Wahid); Kontroversi Khilafah; Dari Patriarki Menuju Politik Kesetaraan; Mendesain Indonesia - Sebuah Catatan Refleksi Restorasi Sosial; Islam Versus Demokrasi; dan masih banyak lagi.***