Secara administratif, SMP BOPKRI 1 saat ini terletak di jalan Mas Suharto, no 48 Kelurahan Tegalpanggung, Kemantren Danurejan, Kotamadya Yogyakarta. Bangunan asli SMP BOPKRI 1 dapat diketahui dari denah bangunan yang berbentuk huruf U dan langgam bangunan yang berciri arsitektur Indis yang menunjukkan perpaduan arsitektur lokal Jawa dengan arsitektur gaya Belanda (Eropa). Ciri arsitektur lokal dapat dilihat dari bentuk atap limasan dan penggunaan unsur kayu, sedangkan pengaruh arsitektur gaya Belanda dapat dilihat dari penggunaan material batu bata berspesi dan lantai tegel. Model arsitektur gaya India Yang mudah dikenali adalah penggunaan pintu dan jendela dalam jumlah yang banyak dan berukuran besar dengan daun model kupu tarung dan krepyak. Pada saat ini beberapa material bangunan telah mengalami perubahan, seperti misalnya pada lantai yang semula tegel abu-abu ditutup keramik, dan seluruh dinding/tembok ruang kelas bagian dalam maupun luar dilapisi keramik sampai pada ketinggian lebih kurang 1,5 meter. Namun demikian secara tampilan Fasad masih menunjukkan ciri yang masih orisinal. Bangunan asli yang masih menunjukkan ciri khas adalah ruang kelas di sisi timur, utara, dan selatan. Ruang kelas sisi utara membentuk fasad yang menjadi ciri khas bangunan SMP BOPKRI 1 dengan teras yang disangga deretan tiangtembokdengan ambangatas berbentuk lengkung, dengan pintu utama berada di tengah.
Bangunan SMP BOPKRI 1 tidak dapat dilepaskan dari sejarah perkembangan pendidikan khususnya di Yogyakarta sejak masa Kolonial Belanda. Dengan diterapkannya Politik Etis dan kebijakan Pemerintah Kolonial Belanda dalam bidang pendidikan bagi rakyat maka anak-anak pribumi dan Cina mendapat kesempatan untuk bersekolah di sekolah-sekolah Kristen Belanda. Penyelenggaraan sekolah-sekolah Kristen ini sebagai bagian dari misi penyebaran agama Kristen oleh misi Zending. Pada waktu itu di Yogyakarta terdapat dua lembaga yang mengusahakan sekolah Kristen bagi warga masyarakat yaitu Zending Gerceformende Kerken (ZGK) untuk sekolah-sekolah Zending dan Vereeniging Scholen met den Bijbel yang menyelenggarakan sekolah-sekolah dengan pengantar bahasa Belanda seperti :Hollandsch Javansche School (HJS), Europesche Lagere School (ELS), Hollandsch Chinesche School (HCS), Ma la ische Chineesche School MCS).
Hollandsch Chineesche School (HCS) pertama kali didirikan di Batavia pada tahun 1908. Pendirian HCS ini sebagai tindak lanjut kebijakan pemerintah Kolonial Hindia Belanda dalam memajukan pendidikan, termasuk pendidikan untuk anak-anak etnis Cina di Indonesia dan mengantisipasi nasionalisme Cina. Di Yogyakarta, sekolah HCS pertama kali didirikan oleh pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1912, bertempat di kampung Gandekan (sekarang menjadi SMP N 3 Yogyakarta). Berdirinya Hollandsch Chineesche School berpengaruh terhadap perkembangan pendidikan etnis Cina di Yogyakarta. Sejak HCS didirikan, banyakorang-orangCina yangtertarikdan mengirimkan anak-anaknya untuk bersekolah di HCS. Ketertarikannya dikarenakan HCS menggunakan bahasa pengantar bahasa Belanda dan berharap lulusannya akan mudah mendapatkan pekerjaan dan kehidupan yang layak. Sebelumnya pendidikan bagi orang-orang Cina menggunakan model pendidikan tradisional secara privat yang diberikan oleh generasi tua kepada generasi muda berdasarkan pengalaman nenek moyangnya. Kalaupun ada orang Cina yang dapat menyekolahkan anak-anaknya di sekolah Belanda,jumlahnya sangat kecil dan terbatas pada mereka yang mampu secara ekonomi.
Setelah berdirinya HCS di Gandekan atau disebutjuga HCS Gubememen, selanjutnya berturut-turut di Yogyakarta berdiri sekolah untuketnisCina lainnya yaitu HCS Zending Protestan di kampong Gemblakan didirikan pada tahun 1917, HCS Nasional atau HCS Mayor Yap Yong Sing didirikan pada tahun 1921, dan HCS Katholik yang didirikan pada tahun 1934.
Ketika Jepang menguasai Hindia Belanda pada tahun 1942 semua sekolah Belanda ditutup, termasuk sekolah-sekolah HCS yang ada di Yogyakarta. Namun atas usaha yang gigih dari dua tokoh orang Cina Woo Sung dan Kwik Sie Liong, sekolah-sekolah Cina tersebut diijinkan dibuka kembali pada tanggal 7 September 1942 oleh pemerintah Jepang. Pada tahun 1942-1945, di kota Yogyakarta masih ada empat sekolah Cina yaitu Sekolah yang ada di Poncowinatan, Dagen, Gemblakan, dan Ketandan. Sekolah Cina di Gemblakan dikenal juga dengan nama `Sekolah Nomor Tiga"(ti san siauw).
Pada masa perjuangan Kemerdekaan Indonesia umat Kristen tidak ketinggalan turut berjuang mengisi Kemerdekaan. Mereka mendirikan Partai Kristen Indonesia (Partindo) pada tanggal 10 Nopember 1945. Pada kongresnya yang pertama di Surakarta diputuskan untuk mendirikan lembaga pendidikan dengan nama Badan Oesaha Pendidikan Kristen Indonesia atau disingkat BOPKRI. Lembaga pendidikan BOPKRI pertama kali didirikan di Yogyakarta pada tanggal 18 Desember 1945, dan bertujuan untuk memajukan pendidikan masyarakat Kristen khususnya di wilayah Yogyakarta. Pada pertengahan tahun 1946 BOPKRI mendirikan sekolah setingkat SMA sebanyak dua buah dan keduanya menempati gedung HCS di Gemblakan. Pada tahun 1949 bangunan tersebut dialihfungsikan menjadi gedung SMP BOPKRI. Selanjutnya, sejak tahun 1952 gedung tersebut resmi berubah nama menjadi SMP BOPKRI 1 Yogyakarta Sampai dengan sekarang.**"